Toward a Common Set of Functional Traits for Soil Protists

Voilà la référence du premier article d'Alexis Carteron en tant qu'agent dynafor. Alexis est un nouvel enseignant-chercheur dans l'UMR Dynafor.

Giachello, Simone & Cantera, Isabel & Carteron, Alexis & Marta, Silvio & Cipriano, Cristina & Guerrieri, Alessia & Bonin, Aurélie & Thuiller, Wilfried & Ficetola, Gentile Francesco. (2023). Toward a Common Set of Functional Traits for Soil Protists. Soil Biology and Biochemistry 187 (2023) 10920710.22541/au.168872056.64589857/v1.

Abstract: Protists are major actors of soil communities and play key roles in shaping food webs, community assembly, and ecosystem processes, yet their functional diversity is understudied. High-throughput sequencing data have revealed their ubiquity and diversity, but lack of standardized traits has hampered the integration of functional information, limiting our understanding of soil ecosystems. Here we propose a framework for soil protists, identify a set of common traits to characterize their functional diversity, and apply the framework on a broad-scale, real-world dataset. We reviewed studies on soil protists to identify the traits used in the literature, and define a framework based on 10 key traits that satisfy two criteria: availability of information, and applicability to most taxa. The framework was tested on a dataset of environmental DNA metabarcoding data from 1123 soil samples collected in 48 glacier forelands worldwide. Traits were assigned to all the 570 Molecular Operational Taxonomic Units (MOTUs) detected in our dataset, leading to the production of a global trait-based dataset from glacier forelands. We estimated the functional space of protist communities and evaluated if the selected traits were effective in describing protist diversity. The functional space of protist communities showed that the MOTUs are clustered in three regions, mainly reflecting different nutritional and habitat preferences. The proposed framework is appropriate for multiple applications, including estimation of functional diversity and food web analyses, and provides a basis for ecological studies on soil protists, enabling the functional characterization of this essential but often neglected component of soil biodiversity.

Résumé: Les protistes sont des acteurs majeurs des communautés du sol et jouent un rôle clé dans la formation des réseaux alimentaires, l'assemblage des communautés et les processus écosystémiques, mais leur diversité fonctionnelle est peu étudiée. Les données de séquençage à haut débit ont révélé leur ubiquité et leur diversité, mais le manque de traits standardisés a entravé l'intégration des informations fonctionnelles, limitant ainsi notre compréhension des écosystèmes du sol. Nous proposons ici un cadre fonctionnel pour les protistes du sol, identifions un ensemble de traits communs pour caractériser leur diversité fonctionnelle et appliquons ce cadre à un ensemble de données réelles à grande échelle. Nous avons passé en revue les études sur les protistes du sol afin d'identifier les traits utilisés dans la littérature et de définir un cadre basé sur 10 traits clés qui répondent à deux critères : la disponibilité de l'information et l'applicabilité à la plupart des taxons. Le cadre a été testé sur un ensemble de données de métabarcodage de l'ADN environnemental provenant de 1123 échantillons de sol prélevés dans 48 zones proglaciaires du monde entier. Des traits ont été attribués aux 570 unités taxonomiques moléculaires opérationnelles (MOTU) détectées dans notre ensemble de données, ce qui a conduit à la production d'un ensemble de données global basé sur les traits provenant des zones proglaciaires. Nous avons estimé l'espace fonctionnel des communautés de protistes et évalué si les traits sélectionnés étaient efficaces pour décrire la diversité des protistes. L'espace fonctionnel des communautés de protistes a montré que les MOTU sont regroupés dans trois régions, reflétant principalement des préférences différentes en matière de nutrition et d'habitat. Le cadre proposé est approprié pour de multiples applications.